任何生命都是一個完整的工作係統，身上應該都帶有一個類似於係統軟件那樣的東西，我們可以把這種東西稱作生命的“靈魂”。

從這一點來推導，我們認為，靈魂應該是存在的。否則我們不可能在對人腦結構已經有如此深入的了解之後，對於意識如何形成的問題仍然一無所知。假如不存在靈魂，人體這台機器為什麼能夠自動運轉就無從解釋，人類為什麼能夠擁有意識的問題就無法回答。

有人會把“靈魂”與“意識”混為一談，其實它們之間是有很大區別的。

我們人類擁有自主意識，它在控製著我們的一言一行。當我們感到餓了，就會去找東西吃，感到渴了，就會去找水喝。這種現象容易讓人產生一種感覺，那就是人的所有行為，都是在意識的指導之下完成的，但如果真這麼想那就完全錯了。

實際情況是，我們在絕大多數情況下，身體反應都是在無意識的狀態下完成的。晚上睡覺時，意識消失了，但我們仍在有規律地呼吸著，身體各部分機能仍在正常運轉；即便是在清醒的狀態下，我們的身體也更多的是無意識的反應，有意識的行為隻占少數，比如我們的意識沒有指揮心髒的跳動，但它卻一直在跳著。

由此看來，靈魂與意識是不一樣的。靈魂就像是我們身體的係統軟件和驅動程序，它掌控了我們的整個身體；而意識隻是靈魂的一項功能，它隻在比較高的層麵上起作用。這就好比是在操作電腦聽音樂時，你在播放器中點擊那首歌，這相當於是意識主導下的行為；接下來那些讀取歌曲文件、調用解碼器解碼、把信號傳送到音箱去之類的工作，並不需要你逐項發出指令，操作係統就會自動完成，這相當於是在非意識主導的狀態下，靈魂這個驅動程序作出的自動反應。

靈魂與肉體的關係，就相當於電腦中軟件與硬件之間的關係。意識相當於是在軟件運行過程中，係統產生的對外界和自我的認知，因而從這個角度來說，意識應該是靈魂的產物，而不是物質。正因為生物體最重要的生命現象，不是來自於物質，而是來自於靈魂，所以生物體看起來與沒有生命的無機物之間才會如此的不同。

軟件的運行必須依賴於硬件，它不能獨立存在，也不能獨立發揮作用，這就是為什麼靈魂需要依賴於肉體存在，一旦肉體消亡，它也就跟著不見了。

這容易讓人產生一種錯覺，以為是硬件在決定著軟件。就像唯物論者那樣，認為是物質在決定著意識，更有甚者認為意識是由物質派生出來的，是物質的附庸。

但其實靈魂和肉體是兩種互相獨立的東西，就像軟件和硬件是完全不同的兩種事物一樣，對於生命而言，這兩者同樣的重要，缺一不可。

軟件雖然需要依賴於硬件才能運行，但卻並不代表著它就完全受製於硬件。首先是硬件的功能必須在軟件的支持下才能夠實現，否則它就隻是一堆廢銅爛鐵而已，對於生命來說也是一樣，如果沒有了精神，生物體就隻是一堆不會動的死肉。

其次是軟件反過來也可以影響硬件，比如某些病毒程序可以攻擊硬件係統，使硬件遭到損壞，同樣的道理，精神對於肉體也有著十分重要的影響，精神的愉悅對於身體的健康起著積極作用，而在精神受到重創時，也會嚴重損壞身體的健康。

靈魂無法為我們的感官所感知，所以我們無法通過感官確定它的存在，很容易誤以為它不存在。有人說，我是外科醫生，經常打開人的大腦，卻從來沒有見到過靈魂。但你可以想想，當你修電腦的時候打開主機，能看到軟件的存在嗎？

當然，靈魂是個軟件隻是個比喻而已，因為軟件隻是虛無的代碼，而靈魂卻有可能是活的。

在把人類看作是一台肉體機器的年代，有一個問題很難解釋：人為什麼需要睡眠呢？有人說，那是因為身體這台機器需要休息。但實際上，機器是不需要休息的，你可以看看我們的心髒，它一輩子一直在跳著，並不需要休息。而且從進化論適者生存的角度來看，睡眠會減少覓食的時間，睡著了不醒人事時還會給敵人以可乘之機，這顯然是不利於生存的。

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